Năm 2006, Liên đoàn bóng đá châu Á phân chia 47 liên đoàn thành viên thành ba nhóm.[1] Mặc dù giải đấu chỉ dành cho những nền bóng đá mới phát triển, tuy nhiên có cả những đội tuyển từ các liên đoàn đang phát triển, thậm chí là đã phát triển tham dự. Đó là Ấn Độ, CHDCND Triều Tiên, Maldives, Myanma, Tajikistan và Turkmenistan. Điều đó dẫn tới việc các đội bóng mới phát triển chưa giành được chức vô địch nào, mới chỉ có một ngôi hạng nhì của Sri Lanka. Cuối tháng 3 năm 2012, Hiệp hội bóng đá Quần đảo Bắc Mariana, mặc dù chỉ là một thành viên dự khuyết của AFC, đã được AFC cho phép tham gia giải đấu.[2] Tháng 11 năm 2012, AFC ra thông báo loại đội tuyển Triều Tiên ra khỏi các giải đấu Cúp Challenge AFC trong tương lai.[3]

Tại cúp bóng đá châu Á 2011 và 2015, 2 suất tham dự đã được trao cho các đội vô địch cúp Challenge AFC gần đây nhất. Mùa giải 2014 là lần cuối cùng giải đấu này được tổ chức.[4]